|
Vyučující
|
-
Doležel Jaroslav, prof. Ing. DrSc.
-
Šimková Hana, Ing. CSc.
|
|
Obsah předmětu
|
Předmět studia genomiky. Obsah genomových projektů. Sekvenování genomů prokaryot. Sekvenování genomů eukaryot - Caenorhabditis elegans, Drosophila melanogaster, Arabidopsis thaliana, Triticum aestivum, Homo sapiens. Databáze sekvencí DNA. Genetické mapování. Mapovací populace. Molekulární markery, jejich typy a příprava. Strategie mapování. Genetické mapy, jejich konstrukce. Knihovny DNA, jejich typy a konstrukce. Fyzické mapování. Metody používané při fyzickém mapování, "fingerprinting". Integrace fyzických a genetických map. Poziční klonování genů, "chromosome walking". Strategie sekvenování DNA ("shotgun", "clone-by-clone", redukční strategie). Anotace sekvencí DNA. Funkční anotace a zařazování genů do rodin. Polymorfismus DNA. SNPs ("single nucleotide polymorphisms") a jejich využití pro "genotyping". Komparativní genomika. Genová exprese a transkriptom. Knihovny cDNA, ESTs ("expressed sequence tags"), DNA arrays a DNA čipy, jejich příprava a využití. Určování funkce genů. Metody funkční genomiky - saturační přímá genetika, vysoko-kapacitní reverzní genetika.
|
|
Studijní aktivity a metody výuky
|
Přednášení, Monologická (výklad, přednáška, instruktáž)
- Domácí příprava na výuku
- 20 hodin za semestr
- Příprava na zkoušku
- 25 hodin za semestr
|
|
Výstupy z učení
|
Po absolvování kurzu by student měl být schopen: - vyvsětlit náplň genomových projektů - vysvětlit postup konstrukce genetických a fyzických map, včetně jejich využití pro poziční klonování genů - vyjmenovat možné postupy celogenomového sekvenování, včetně využití sekvenačních technologií nové generace - popsat metody detekce a analýzy jednonukleotidových polymorfismů - popsat metody analýzy exprese na celogenomové úrovni - definovat obecné postupy funkční genomiky - vysvětlit postup konstrukce knihovny dlouhých inzertů a metod skríningu takovéto knihovny
|
|
Předpoklady
|
nespecifikováno
|
|
Hodnoticí metody a kritéria
|
Ústní zkouška, Analýza výkonů studenta
ústní zkouška, v rozsahu probírané látky
|
|
Doporučená literatura
|
-
Cullis, C.A. Plant Genomics and Proteomics. John Wiley and Sons. Inc., New York, 2004.
-
Gibson, G., Muse, V.S. A Primer of Genome Science.. Sinauer Associates, Inc., Sunderland, 2004.
-
Meksem, K., Kahl, G. The Handbook of Plant Genome Mapping. Weinheim, 2005.
|