|
Vyučující
|
-
Fellner Martin, prof. RNDr. Ph.D.
-
Nožková Vladimíra, Mgr. Ph.D.
-
Plíhal Ondřej, RNDr. Ph.D.
-
Balarynová Jana, Mgr. Ph.D.
-
Karady Michal, Mgr. Ph.D.
|
|
Obsah předmětu
|
1) Základy fotomorfogeneze Rozdíl mezi skotomorfogenezí a fotomorfogenezí, rostlinné fotoreceptory, vliv modrého a červeného světla na růst a vývoj rostlin, odlišné růstové reakce hypokotylů a kořenů ke světlu, význam fotomorfogenních mutantů ve studiu molekulárních mechanizmů ve vnímání světla a jeho signalizaci. 2) Gazometrické metody Měření výměny plynů a fotosyntetických parametrů. Princip gazometrických měření (princip IRGA, různé typy měřících systémů). Parametry měřené gazometrickými systémy. Teorie indukčních, světelných a CO2 křivek fotosyntézy. 3) Základy fluorescence chlorofylu in vivo Analýza velmi rychlých změn při indukci fluorescence chlorofylu. Kinetika zhášení fluorescence chlorofylu a nejčastěji používané parametry obou jmenovaných metod. 4) Základní metody stanovení obsahu jednoduchých látek v biologickém materiálu metody extrakce, separace a detekce se zaměřením na rostlinný materiál. 5) Základy fluorescenční a elektronové mikroskopie, základy klonovaní a genového inženýrství, metody kvantifikace genové exprese Epifluorescenční a konfokální mikroskopie, metody cytologického barvení, imunofluorescenční značení, elektronová mikroskopie v biologii, GFP technologie, molekulární klonování, klonovací vektory, genomové knihovny, heterologní expresní systémy, Gateway technologie, metody transgenoze rostlin a nové metody sekvenování 6) Kvantitativní PCR (qPCR) Obecný princip metody PCR, princip kvantitativní PCR, strategie navrhování primeru pro qPCR, stanovení účinnosti primerů, reagencie, volba referenčních genů, stanovení jejich stability, kvantifikace exprese genů 7) Elektroforetické metody Princip elektroforézy, typy elektroforéz (agarosová, akrylamidová, vertikální, horizontální), separace nukleových kyselin, separace proteinů (SDS PAGE, nativní PAGE)
|
|
Studijní aktivity a metody výuky
|
Monologická (výklad, přednáška, instruktáž), Dialogická (diskuze, rozhovor, brainstorming)
- Účast na výuce
- 24 hodin za semestr
|
|
Výstupy z učení
|
Seznámit studenty se s vybranými tématy z oblasti experimentální biologie rostlin doplněnými o nejnovější vědecké poznatky z dané oblasti.
Po absolvování kurzu by student měl být schopen: - Vysvětlit základy fotomorfogeneze rostlin - Popsat gazometrické metody - Vysvětlit základy fluorescence chlorofylu in vivo - Vysvětlit základní metody stanovení obsahu jednoduchých látek v biologickém materiálu - Popsat principy fluorescenční a elektronové mikroskopie, základy klonovaní a genového inženýrství, metody kvantifikace genové exprese - Vysvětlit principy kvantitativní PCR (qPCR) - Popsat elektroforetické metody
|
|
Předpoklady
|
Účast na předmětu je podmíněno absolvováním předmětů KBB/MBIO1, KBC/BCH, LRR/FZRSB
|
|
Hodnoticí metody a kritéria
|
Písemná zkouška
Ústní zkouška. Státní závěrečná zkouška.
|
|
Doporučená literatura
|
-
Arndt C et al. (2012). Native Polyacrylamide Gels. In: Kurien B., Scofield R. (eds) Protein Electrophoresis. Methods in Molecular Biology (Methods and Protocols), vol 869. Humana Press, Totowa, NJ.
-
Bustin SA et al. (2009). The MIQE Guidelines: Minimum Information for Publication of Quantitative Real-Time PCR Experiments.
-
Dunst S, Tomancak P. (2019). Imaging Flies by Fluorescence Microscopy: Principles, Technologies, and Applications. Genetics 211: 15?34.
-
Holčapek M. Hmotnostní spektrometrie v organické analýze. Univerzita Pardubice.
-
Jones R et al. (2013). Molecular Life of Plants, Wiley-Blackwell, ASPB.
-
Lazár D. (2015). Parameters of photosynthetic partitioning. J. Plant Physiol. 175, 131?147.
-
Procházka S, Macháčková I, Krekule J, Šebánek J a kol. (2003). Fyziologie rostlin. Academia. Česká republika.
-
Šmarda J. (2008). Metody molekulární biologie. Masarykova univerzita, Brno.
-
Von Caemmerer S and Farquhar GD. (1981). Some relationships between the biochemistry of photosynthesis and the gas-exchange of leaves. Planta 153: 376-387.
|