Předmět: Cvičení z proteomiky

« Zpět
Název předmětu Cvičení z proteomiky
Kód předmětu LRR/CVPRO
Organizační forma výuky Cvičení
Úroveň předmětu Magisterský
Rok studia nespecifikován
Semestr Letní
Počet ECTS kreditů 3
Vyučovací jazyk Čeština
Statut předmětu Povinný, Povinně-volitelný
Způsob výuky Kontaktní
Studijní praxe Nejedná se o pracovní stáž
Doporučené volitelné součásti programu Není
Vyučující
  • Zemánková Natálie, Mgr.
  • Simerský Radim, Mgr. Ph.D.
  • Chamrád Ivo, Mgr. Ph.D.
  • Lenobel René, Mgr. Ph.D.
Obsah předmětu
1. Extrakce rozpustné frakce proteinů z biologického materiálu. 1D nebo 2D elektroforéza. Barvení gelu Commassi Briliant Blue. 2. Izolace proteinových spotů z gelu. Štěpení vybraných proteinů pomocí trypsinu popřípadě i jiných enzymů (např. chymotrypsin) v gelu ("In-gel digestion"). Extrakce naštípaných peptidů z gelu. 3. Příprava extraktů pro analýzu LC-MS. LC-MS analýza extrahovaných peptidů, zpracování MS dat pomocí softwaru Mascot Distiller a identifikace proteinu pomocí veřejně přístupné datatáze MASCOT.

Studijní aktivity a metody výuky
Laborování
  • Domácí příprava na výuku - 1 hodina za semestr
  • Účast na výuce - 20 hodin za semestr
Výstupy z učení
Praktické zvládnutí vybraných metod používaných v proteomice.
Po absolvování kurzu by student měl být schopen: - aplikovat použití základních proteomických metod v analýze proteinů - analyzovat získané výsledky (identifikace proteinů, určení molekulové hmotnosti, studium post-translačních modifikací proteinů a další) - zpracovat protokolu o provedené práci a diskutovat získané výsledky
Předpoklady
Základní zkušenosti s prací v laboratoři, absolvování přednášek z proteomiky.

Hodnoticí metody a kritéria
Písemná zkouška

100% účast, dokončení experimentů
Doporučená literatura
  • Keough T., Lacey M. P., Youngquist R. S. (2000). Derivatization procedures to facilitate de novo sequencing of lysine-terminated tryptic peptides using postsource decay matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry, Rapid Communication. Mass Spectrom. 14, 2348-2356.
  • Keough T., Youngquist R. S., Lacey M. P. (1999). A method for high-sensitivity peptide sequencing using postsource decay matrix-assisted laser desorption ionization mass spektrometry. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96, 7131-7136.
  • Marekov L. N., Steinert P. M. (2003). Charge derivatization by 4-sulfophenyl isothiocyanate enhances peptide sequencing by post-source decay matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry. J. Mass Spectrom. 38, 373-377.
  • Pingoud A., Urbanke C., Hoggett J., Jeltsch A. (2002). Biochemical methods: A concise guide for students and researchers. Wiley-VCH Verlag GmbH, Weinheim, Germany.
  • Wang D., Kalb S. R., Cotter R. J. (2004). Improved procedures for N-terminal sulfonation of peptides for matrix-assisted laser desorption/ionization post-source decay peptide sequencing, Rapid Communication. Mass Spectrom. 18, 96-102.
  • Westermeier, R., Naven, T. (2002). Proteomics in practice. A laboratory manual of proteome analysis.. Wiley-VCH, Weinheim, Germany.
  • Winter M., Sherman N. E. (2000). Protein sequencing and identification using tandem mass spectrometry. John Wiley & Sons, Inc., New York, NY, USA.


Studijní plány, ve kterých se předmět nachází
Fakulta Studijní plán (Verze) Kategorie studijního oboru/specializace Doporučený ročník Doporučený semestr
Fakulta: Přírodovědecká fakulta Studijní plán (Verze): Bioanalytická laboratorní diagnostika ve zdravotnictví - Experimentální biologie (2023) Kategorie: Biologické obory 1 Doporučený ročník:1, Doporučený semestr: Letní
Fakulta: Přírodovědecká fakulta Studijní plán (Verze): Experimentální biologie rostlin (2021) Kategorie: Biologické obory 1 Doporučený ročník:1, Doporučený semestr: Letní
Fakulta: Přírodovědecká fakulta Studijní plán (Verze): Molekulární a buněčná biologie (2021) Kategorie: Biologické obory 1 Doporučený ročník:1, Doporučený semestr: Letní