| Název předmětu | Molekulární modelování |
|---|---|
| Kód předmětu | KFC/MOM |
| Organizační forma výuky | Přednáška |
| Úroveň předmětu | Bakalářský |
| Rok studia | 1 |
| Semestr | Zimní |
| Počet ECTS kreditů | 3 |
| Vyučovací jazyk | Čeština, Angličtina |
| Statut předmětu | Povinný, Volitelný |
| Způsob výuky | Kontaktní |
| Studijní praxe | Nejedná se o pracovní stáž |
| Doporučené volitelné součásti programu | Není |
| Dostupnost předmětu | Předmět je nabízen přijíždějícím studentům |
| Vyučující |
|---|
|
| Obsah předmětu |
|
Přednáška se soustředí zejména na oblast empirických metod a jen okrajově se dotýká metod neempirických. 1. popis molekuly v souřadném systému, vnitřní souřadnice, topologie molekuly 2. principy molekulové mechaniky, harmonická aproximace, torzní termy, nekovalentní interakce a jejich popis empirickým potenciálem, koncepce parc. nábojů, RESP náboje, Ewaldova sumace, vdW interakce, LJ potenciál, cutoff, principy parametrizace 3. běžná silová pole a jejich omezení (pole rodiny AMBER, CHARMM, OPLS-AA tec.) 4. united atoms, coarse grained modely, CGFF-MARTINI 5. klasická molekulová dynamika, PBC, termostat, barostat, podmínky, simulační protokoly, analýza - vývoj RMSD, Rg; esenciální dynamika 6. modely vod, explicitní a implicitní (PB, GB) 7. enzymová a RNA katalýza, definice katalytického účinku, zdroje katalýzy, RNA a DNA enzymy, hybridní metody QM/MM 8. drug design, léčivo, návrh léčiv, testování a hodnocení léčiv, CADD, molekulové dokování, skórovací funkce, COMFA 9. skládání proteinů a NK 10. ukázky aplikací
|
| Studijní aktivity a metody výuky |
Monologická (výklad, přednáška, instruktáž)
|
| Výstupy z učení |
|
Cílem přednášky je seznámit studenty se současným stavem v oblasti molekulového modelování, a to jak na úrovni teorie tak i konkrétních aplikací.
Popsat a rozpoznat základní postupy a metody molekulového modelování |
| Předpoklady |
|
nespecifikováno
|
| Hodnoticí metody a kritéria |
|
Ústní zkouška
Student musí být schopen diskuse na uvedené téma (dvě otázky). |
| Doporučená literatura |
|
| Studijní plány, ve kterých se předmět nachází |
| Fakulta | Studijní plán (Verze) | Kategorie studijního oboru/specializace | Doporučený semestr | |
|---|---|---|---|---|
| Fakulta: Přírodovědecká fakulta | Studijní plán (Verze): Experimentální biologie rostlin (2021) | Kategorie: Biologické obory | 1 | Doporučený ročník:1, Doporučený semestr: Zimní |
| Fakulta: Přírodovědecká fakulta | Studijní plán (Verze): Biofyzika - specializace Molekulární biofyzika (2024) | Kategorie: Fyzikální obory | 3 | Doporučený ročník:3, Doporučený semestr: Zimní |