|
Vyučující
|
-
Polishchuk Pavlo, M.Sc., Ph.D.
-
Berka Karel, doc. RNDr. Ph.D.
|
|
Obsah předmětu
|
Drug design, nebo také racionální návrh léčiv je hledání nových léčiv za pomoci znalosti biologického cíle. Jedná se o celou škálu nejčastěji počítačových technik, které mají za cíl napomoci s výběrem látek pro biologické testování. V interaktivním kurzu zkombinujeme přednášky a cvičení na počítačích schopných zobrazovat 3D grafiku tak, aby si účastníci kurzu mohli sami vyzkoušet metodiku racionálního návrhu léčiv. Zmíníme se jak o metodách vyžadujících znalost struktury biologického cíle (nejčastěji molekuly proteinu cílového receptoru), tzv. "structure-based drug design", tak i o metodách zaměřených predikci aktivity látek na základě vlastností struktury jednotlivých testovaných látek, pokud neznáme strukturu cíle, tzv. "ligand-based drug design". V první skupině je zapotřebí odhalit na proteinu místo kam se testované látky váží a zjistit jak pevně, tzv. "docking" a to pokud možno s celou databází látek, tzv. "virtual screening". V druhé skupině jde především o dedukci pravidel ze známých experimentálních dat pomocí tzv. QSAR metod. Při návrhu léčiva je dále nutné brát ohled i na jeho osud v organismu a odhadnout i jeho průnik do organismu, vliv metabolismu a odhalit i případnou toxicitu. Ne vše jsme nicméně schopni dnes předpovědět a proto se zmíníme i o limitacích jednotlivých metod drug designu.
|
|
Studijní aktivity a metody výuky
|
Monologická (výklad, přednáška, instruktáž), Nácvik pohybových a pracovních dovedností
- Příprava na zkoušku
- 60 hodin za semestr
|
|
Výstupy z učení
|
Cílem předmětu je získání přehledu a praktických dovedností s metodami výpočetních metod používaných v moderním návrhu léčiv.
Definovat hlavní pojmy, popsat hlavní přístupy aplikované na návrh léčiv in silico metodami a jejich vyzkoušení na modelových příkladech.
|
|
Předpoklady
|
nespecifikováno
|
|
Hodnoticí metody a kritéria
|
Ústní zkouška, Seminární práce
Prokázat schopnost diskutovat na téma zvolené zkoušejícím.
|
|
Doporučená literatura
|
-
Alvarez, J. & Shoichet B. (Eds.). (2005). Virtual Screening in Drug Discovery. Taylor&Francis.
-
Leach AR. (2001). Molecular Modelling - Principles and Applications (2 edition). Pearson Education.
-
Young, D.C. (2009). Computational Drug Design. Wiley.
-
Young D.C. (2001). Computational Chemistry, a Practical Guide for Applying Techniques to Real World Problems. Wiley.
|