|
Vyučující
|
-
Berka Karel, doc. RNDr. Ph.D.
-
Martinát Dominik, Mgr.
|
|
Obsah předmětu
|
Bioinformatika je obor, který používá IT metod ke shromažďování, analýzu a vizualizaci rozsáhlých souborů biologických dat, které by jinak byly naprosto nezvládnutelné. V posledních 10 letech se totiž řádově zvětšuje objem dat uchovávaných v databázích, např. kvůli projektu lidského genomu HUGO a následujícím sekvenačním projektům (ENCODE, Million Genomes a jiné). Bioinformatika tedy pomáhá v pochopení takových jevů, jakými jsou vztah mezi geny a jejich regulací a funkcí, modelování reakčních a rozpoznávacích mechanismů, studium sekvencí a podobně a vytahováním biologických dat z databází. V přednášce budou vysvětleny základní algoritmy a databáze bioinformatiky. V průběhu cvičení si studenti prakticky vyzkoušejí bioinformatické nástroje na Internetu tak, aby byli schopni provádět základní bioinformatickou analýzu zvoleného problému. 1. Úvod do bioinformatiky 2. Ukládání biologických sekvenčních dat 3. Porovnávání sekvencí (alignment) - principy, programy a interpretace 4. Molekulárně biologické databáze 5. Predikce genů 6. Fylogenetická analýza, evoluční stromy 7. Úvod do systémové biologie 8. Genomy 9. Bioinformatické nástroje 10.Statistický aparát bioinformatiky
|
|
Studijní aktivity a metody výuky
|
Monologická (výklad, přednáška, instruktáž), Aktivizující (simulace, hry, dramatizace)
- Příprava na zkoušku
- 60 hodin za semestr
|
|
Výstupy z učení
|
Přednáška je zaměřena na rostoucí moderní obor bioinformatiky, který kombinuje informační technologie a výpočetní přístup k analýze biologických dat.
Přednáška je zaměřena na rostoucí moderní obor bioinformatiky, který kombinuje informační technologie a výpočetní přístup k analýze biologických dat.
|
|
Předpoklady
|
nespecifikováno
|
|
Hodnoticí metody a kritéria
|
Ústní zkouška, Seminární práce
Student musí prokázat schopnost diskutovat na téma zvolené zkoušejícím (2 otázky) a zároveň úspěšně vyřešit bioinformatickou úlohu při použití internetových zdrojů (1-2 stran dlouhá analýza) ev. server Rosalind.
|
|
Doporučená literatura
|
-
Claverie, J.M., Notredame, C. (2007). Bioinformatics For Dummies. Hoboken, N.J.: Wiley Publishig, USA.
-
Cvrčková, F. (2006). Úvod do praktické bioinformatiky. Academia, Praha.
-
Pavel Pevzner, Rosalind Team. (2015). Rosalind. USA, Russia.
-
VOET D., VOET J. G. (1995). Biochemie. Praha.
|