Předmět: Cvičení ze strukturních metod

« Zpět
Název předmětu Cvičení ze strukturních metod
Kód předmětu KEB/CSM
Organizační forma výuky Cvičení
Úroveň předmětu Magisterský
Rok studia 2
Semestr Zimní
Počet ECTS kreditů 4
Vyučovací jazyk Čeština
Statut předmětu Povinný
Způsob výuky Kontaktní
Studijní praxe Nejedná se o pracovní stáž
Doporučené volitelné součásti programu Není
Vyučující
  • Kopečná Martina, Mgr. Ph.D.
  • Kopečný David, Mgr. Ph.D.
  • Peřina Miroslav, Mgr. Ph.D.
Obsah předmětu
Techniky používané pro analýzu molekulárních vlastností makromolekul, sekundární struktury proteinů, screening stability a aktivity. Metoda Western blotu a imunochemická detekce proteinů na PVDF membráně (detekce tagu); stanovení molekulové hmotnosti makromolekul gelovou permeační chromatografií; stanovení aktivity a kinetických parametrů (Km, Ki, kcat) enzymu; metoda cirkulárního dichroismu ? spektra proteinů, nukleových kyselin a malých molekul; stanovení stability pomocí nanodiferenciální skenovací fluorometrie; stanovení afinity termoforézou v malém měřítku; DLS a krystalizace proteinu.

Studijní aktivity a metody výuky
Dialogická (diskuze, rozhovor, brainstorming), Laborování
Výstupy z učení
Cílem je získání praktických zkušeností s vyučovanými experimentálními metodami a postupy, osvojení si aplikace teoretických poznatků v praxi a schopnost samostatně provádět a interpretovat experimenty.

Předpoklady
nespecifikováno

Hodnoticí metody a kritéria
nespecifikováno
Zápočet se uděluje za úspěšné absolvování laboratorního cvičení.
Doporučená literatura
  • Alberts, B., Johnson, A., Lewis, J., Morgan, D., Raff, M., Roberts, K., Walter, P. (2022). Molecular Biology of the Cell. 7th edition. W. W. Norton & Company.
  • Copeland, R. A. (2000). Enzymes: A Practical Introduction to Structure, Mechanism, and Data Analysis. 2nd edition.
  • Ducruix, A., Giege, R. (1999). Crystallization Of Nucleic Acids And Proteins: A Practical Approach (Practical Approach Series). 2nd edition.
  • Ghisaidoobe, A. B., & Chung, S. J. (2014). Intrinsic Tryptophan Fluorescence in the Detection and Analysis of Proteins: A Focus on Förster Resonance Energy Transfer Techniques.
  • Greenfield, N. J. (2006). Using circular dichroism spectra to estimate protein secondary structure.
  • Lakowicz, J. R. (2006). Principles of Fluorescence Spectroscopy. 3rd edition. Springer US.
  • Pingoud, A., Urbanke, C., Hogget, J., Jeltsch, A. (2002). Biochemical Methods: A Concise Guide for Students and Researchers. Wiley.
  • Stetefeld, J., McKenna. S. A., Patel, T. R. (2016). Dynamic light scattering: a practical guide and applications in biomedical sciences.


Studijní plány, ve kterých se předmět nachází
Fakulta Studijní plán (Verze) Kategorie studijního oboru/specializace Doporučený ročník Doporučený semestr
Fakulta: Přírodovědecká fakulta Studijní plán (Verze): Strukturní biologie (2026) Kategorie: Biologické obory 2 Doporučený ročník:2, Doporučený semestr: Zimní