|
Vyučující
|
|
|
|
Obsah předmětu
|
Typy dat používaných v molekulární fylogenetice - RFLP, AFLP, SSR genotypování a sekvenační data. Co je to fylogenetický strom - vysvětlení základních termínů, znaková a distanční data. Získávání a analýza sekvenačních dat - metody mnohonásobného porovnávání (multiple alignment). Modely evoluce DNA a výběr vhodného modelu - ModelTest a jModelTest. Distanční metody fylogenetické analýzy - UPGMA, NJ, Fitch-Margoliash, metoda minimální evoluce. Metoda maximální parsimonie a metoda maximální věrohodnosti - princip a rozdíly. Princip Bayesienovské metody stanovení fylogenetických vztahů - Mr Bayes, BEAST. Fylogenetická analýza sekvencí proteinů - rRNA sekvence, "universal tree of life", sekundární struktury a jejich využití ve fylogenetice. Analýza kódujících sekvencí DNA - struktura genů, orthologní, paralogní a xenologní sekvence a jejich vliv na výsledek fylogenetické analýzy. Testování fylogenetických stromů - jackknife, bootstrap, délka vnitřních větví, Bremerův index. Datování fylogenetických stromů. Další metody analýzy dat - fylogenetické sítě (princip metody a analýza dat pomocí Splits Tree). Alignmet-free metody v molekulární fylogenetice - princip a použití. Analýza fragmentačních dat - SSR genotypování.
|
|
Studijní aktivity a metody výuky
|
Monologická (výklad, přednáška, instruktáž), Dialogická (diskuze, rozhovor, brainstorming), Demonstrace
- Domácí příprava na výuku
- 20 hodin za semestr
- Příprava na zápočet
- 20 hodin za semestr
- Účast na výuce
- 26 hodin za semestr
|
|
Výstupy z učení
|
Studenti se seznámí se základními i pokročilými metodami a nástroji molekulární fylogenetiky. Na modelových souborech dat se v praktické části naučí aplikovat různé programy vhodné pro fylogenetickou analýzu.
Po absolvování kurzu by student měl být schopen: - analyzovat genetickou diverzitu fragmentačních dat - analýzy sekvenačních data metodou mnohonásobného porovnávání (multiple alignment) - analyzovat fylogenetické vztahy studovaných zástupců na úrovni DNA sekvencí a proteinů
|
|
Předpoklady
|
Úspěšné zvládnutí požadavků bakalářského studia; úspěšné absolvování předmětu Analýza sekvencí DNA.
|
|
Hodnoticí metody a kritéria
|
Písemná zkouška, Analýza výkonů studenta
Písemný test - 75% správně zodpovězených otázek; 80% účast na seminářích; vypracování seminárního projektu.
|
|
Doporučená literatura
|
-
Felsenstein, J. Inferring Phylogenies..
-
Hall, B.G. (2017). Phylogenetic Trees Made Easy: A How To Manual. Oxford University Press.
-
Nei, M., Kumar, S. (2000). Molecular Evolution and Phylogenetics. Oxford University Press.
-
Salemi, M. and Vandamme, A.M. (2003). The Phylogenetic Handbook: A Practical Approach to Phylogenetic Analysis and Hypothesis Testing. Cambridge University Press.
|