Univerzita Palackého v Olomouci
Studijní programy a katalog předmětů
pro akademický rok 2024/2025
Univerzita Palackého v Olomouci
English
Hledání

Předmět: Genetické mapování a DNA markery

« Zpět
Název předmětu Genetické mapování a DNA markery
Kód předmětu KBC/GEMAP
Organizační forma výuky Seminář
Úroveň předmětu Magisterský
Rok studia nespecifikován
Semestr Letní
Počet ECTS kreditů 2
Vyučovací jazyk Čeština
Statut předmětu Volitelný
Způsob výuky Kontaktní
Studijní praxe Nejedná se o pracovní stáž
Doporučené volitelné součásti programu Není
Vyučující
  • Valárik Miroslav, Mgr. Ph.D.
Obsah předmětu
1. Typy molekulárních markerů. Markery fenotypové, proteinové a DNA a jejich výhody a nevýhody. Typy polymorfizmů vhodných pro odvozování markerů. Markery založené na hybridizaci a PCR. 2. Praktické postupy odvozování DNA markerů, identifikace sekvencí DNA vhodných pro navrhování markerů. Využití sekvencí proteinů pro identifikaci a odvozování markerů a bioinformatické a databázové nástroje. 3. Postupy odvozování markerů pro cílovou oblast genomu a odvozování markerů takzvanými "high-throughput" metodami. Markery vhodné pro mapování a pro fylogenetické analýzy. 4. Základní principy konstrukce map genomů. Typy map a mapovacích populací a jejich optimální použití. Analýza genotypovacích dat a jejich použití pro konstrukci mapy. Pojmy genetická a fyzická mapa. 5. Dostupné nástroje pro konstrukci vazebných map. Demonstrace použití softwarů JoinMap a MultiPoint. 6. Možnosti integrace genetických a fyzických map. "Consensus" mapy.

Studijní aktivity a metody výuky
Přednášení
  • Příprava na zkoušku - 30 hodin za semestr
  • Účast na výuce - 26 hodin za semestr
Výstupy z učení
Předmět je určen pro studenty studijního programu Bioinformatika. V adekvátní a stručné formě budou studenti seznámeni se odvozováním DNA markerů ze všech možných polymorfizmů DNA a jejich využití při konstrukci genetických map a fylogenetických analýz.
Studenti získají přehled o nástrojích k praktickému odvozování markerů a jejich využití ke konstrukci genetických map.
Předpoklady
Úspěšné zvládnutí požadavků bakalářského studia; úspěšné absolvování předmětu KBB/GENOM.

Hodnoticí metody a kritéria
Ústní zkouška

Úspěšné složení kolokvia - získání alespoň 60% bodů.
Doporučená literatura
  • Cvrčková, F. Úvod do praktické bioinformatiky. Praha 2006.
  • Hardigan, MA; Feldmann, MJ; e.al. (2023). A medium-density genotyping platform for cultivated strawberry using DArTag technology. Plant Genome.
  • Janáková, E., , Peusha, H., Abrouk, M., Škopová, M. Šimková, H., Šafář, J., Vrána, J., Doležel, J. Järve, K., Valárik, M. (2019). Divergence between bread wheat and Triticum militinae in the powdery mildew resistance QPm.tut 4A locus and its implications for cloning of the resistance gene. Theoretical and Applied Genetics 132: 1061-1072.
  • Korchanová, Z., Švec, M., Janáková, E., Lampar, A., Majka, M., Holušová, K., Bonchev, G., Juračka, J., Cápal, P., Valárik, M. (2022). Identification, high-density mapping, and characterization of new major powdery mildew resistance loci from the emmer wheat landrace GZ1. Frontiers in Plant Science 13: 897697.
  • Krawetz, S.A., Woble, D.D. (2003). Introduction to Bioinformatics. A theoretical and Practical Approach. Humana Press, Totowa, New Jersey.
  • Lynch M., Walsh B. (1998). Genetics and Analysis of Quantitative Trakte. USA.
  • Mount, D.W. (2004). Bioinformatics : sequence and genom analysis.. Cold Spring Harbor.


Studijní plány, ve kterých se předmět nachází
Fakulta Studijní plán (Verze) Kategorie studijního oboru/specializace Doporučený ročník Doporučený semestr
Fakulta: Přírodovědecká fakulta Studijní plán (Verze): Biochemie (2022) Kategorie: Chemické obory - Doporučený ročník:-, Doporučený semestr: Letní
Fakulta: Přírodovědecká fakulta Studijní plán (Verze): Bioinformatika (2021) Kategorie: Informatické obory - Doporučený ročník:-, Doporučený semestr: Letní
Fakulta: Přírodovědecká fakulta Studijní plán (Verze): Analytický biochemik (2024) Kategorie: Chemické obory - Doporučený ročník:-, Doporučený semestr: Letní
Univerzita Palackého v Olomouci, data aktuální k: 01.05.2025 23:59. Data byla vytvořena pro akademický rok 2024/2025