| Název předmětu | Analýza sekvencí DNA |
|---|---|
| Kód předmětu | KBC/ASDNA |
| Organizační forma výuky | Seminář |
| Úroveň předmětu | Magisterský |
| Rok studia | nespecifikován |
| Semestr | Zimní |
| Počet ECTS kreditů | 2 |
| Vyučovací jazyk | Čeština |
| Statut předmětu | Povinný, Volitelný |
| Způsob výuky | Kontaktní |
| Studijní praxe | Nejedná se o pracovní stáž |
| Doporučené volitelné součásti programu | Není |
| Vyučující |
|---|
|
| Obsah předmětu |
|
Nukleové kyseliny a jejich struktura. Databáze sekvencí, porovnávání sekvencí, mnohonásobné porovnávání, nástroje pro základní analýzy. Metody sekvenování, určování bazí (base calling), chyby v sekvencích DNA. Uchovávání DNA sekvencí, formáty, jejich převod. Možnosti a přístupy k sekvenování genomu. Skládání sekvencí DNA, algoritmy založené na grafech, postup překryv/rozvržení/konsensus, de Bruijnovy grafy, základní assemblery. Vizualizace poskládané sekvence. Anotace genomu, repetitivní DNA, geny, automatická anotace, ruční editace, nástroje a formáty pro anotování genomu. Vizualizace celých genomů, databáze pro uchovávání sekvencí celých genomů, GMOD, GBrowse. Porovnávání sekvencí na úrovni celých genomů. Resekvenování, skládání krátkých čtení na referenčních sekvenci. Variabilita genomu v rámci populace. Identifikace polymorfismů v sekvencích DNA, změny počtu kopií, strukturní varianty, jednonukleotidové polymorfismy.
|
| Studijní aktivity a metody výuky |
Monologická (výklad, přednáška, instruktáž), Dialogická (diskuze, rozhovor, brainstorming), Demonstrace
|
| Výstupy z učení |
|
Studenti se seznámí se základními i pokročilými nástroji pro práci se sekvencemi DNA. Naučí se pracovat s velkými objemy dat produkovanými sekvenátory nové generace.
Po absolvování kurzu by student měl být schopen: - sestavit a anotovat sekvence pocházející z eukaryotických genomů - porovnávat sekvence na úrovni dlouhých kontigů (? Mb) - skládat sekvenační čtení na referenční sekvenci a identifikovat polymorfismy DNA |
| Předpoklady |
|
Úspěšné zvládnutí požadavků bakalářského studia.
|
| Hodnoticí metody a kritéria |
|
Písemná zkouška, Analýza výkonů studenta
Písemný test - 75% správně zodpovězených otázek; 80% účast na seminářích; vypracování seminárního projektu. |
| Doporučená literatura |
|
| Studijní plány, ve kterých se předmět nachází |
| Fakulta | Studijní plán (Verze) | Kategorie studijního oboru/specializace | Doporučený semestr | |
|---|---|---|---|---|
| Fakulta: Přírodovědecká fakulta | Studijní plán (Verze): Analytický biochemik (2024) | Kategorie: Chemické obory | - | Doporučený ročník:-, Doporučený semestr: Zimní |
| Fakulta: Přírodovědecká fakulta | Studijní plán (Verze): Biochemie (2022) | Kategorie: Chemické obory | - | Doporučený ročník:-, Doporučený semestr: Zimní |
| Fakulta: Přírodovědecká fakulta | Studijní plán (Verze): Bioinformatika (2021) | Kategorie: Informatické obory | 1 | Doporučený ročník:1, Doporučený semestr: Zimní |