|
Vyučující
|
|
|
|
Obsah předmětu
|
Genetické mapování: princip, genetické mapy, genetické markery, vazebné a asociační mapování, mapovací populace. Genetické mapování u člověka. Celogenomové sekvenování: sekvenační technologie první, druhé a třetí generace. Postup sestavování sekvencí, využití techniky fyzického mapování za pomocí metod 3C a optického mapování. Anotace sekvencí. Analýza genomové diversity: metody identifikace a genotypizace SNP a jiných polymorfismů DNA. Genotypizace sekvenováním. Vysoko-kapacitní genotypizační platformy a příklady jejich využití. Pangenomové projekty. Analýza transkriptomu: design experimentu, využití mikroarrayí. Analýza transkriptomu pomocí sekvenování, single-cell RNA-seq, CAGE. Základy analýzy transkriptomických dat. Funkční genomika: metody dopředné genetiky - náhodná mutageneze a techniky pro detekci mutací. Metody reverzní genetiky - genetický knock-in a knock-out, syntetické nukleázy, metody transgenoze. Identifikace regulačních oblastí a funkčních interakcí chromatinu.
|
|
Studijní aktivity a metody výuky
|
|
Monologická (výklad, přednáška, instruktáž)
|
|
Výstupy z učení
|
Seznámení se s aktuálními metodami pro - sestavování a analýzu genomů - analýzu genové exprese a její regulace - určení funkce genů
Po absolvování kurzu bude student schopen: - vysvětlit náplň genomových projektů - vysvětlit aktuální postupy celogenomového sekvenování včetně použitých technologií - popsat metody detekce a analýzy diverzity a vysvětlit podstatu pangenomových projektů - objasnit postupy vazebného a asociačního mapování - popsat metody masivní analýzy genové exprese - objasnit základní postupy pro identifikaci funkce genů - navrhnout postupy vhodné pro konkrétní genomové projekty
|
|
Předpoklady
|
Pokročilejší znalosti v oboru molekulární biologie a genetiky
|
|
Hodnoticí metody a kritéria
|
Ústní zkouška
Ústní zkouška v rozsahu probrané látky
|
|
Doporučená literatura
|
-
Gibson, G., Muse, V.S. (2004). A Primer of Genome Science. Sinauer Associates, Inc., Sunderland.
-
Pevsner, Jonathan. (2015). Bioinformatics and Functional Genomics. Singapur.
|