|
Vyučující
|
-
Dvořák Petr, doc. Mgr. Ph.D.
|
|
Obsah předmětu
|
Přednáška: Mutace, teorie neutrální evoluce. Homologie, ortologie, paralogie. Sekvencování DNA první, druhé a třetí generace. Selekce genů pro fylogenetické analýzy. Multiple sequence alignment. Kritéria optimality - distanční, maximální parsimonie, maximální pravděpodobnosti a bayesiánská inference. Fylogenomika - supermatrix a supertree. Interpretace fylogenetických stromů. Testování topologie stromů. Aplikace fylogenetických rekonstrukcí v různých oborech vědy a praxe. Molekulární hodiny. Cvičení: Praktické, na vlastním počítači. Zpracování sekvencí, tvoření datasetů z dostupných databází (GenBank), multiple sequence alignment, rekonstrukce fylogeneze, práce s fylogenetickým programem MEGA, práce s gridových rozhraním CIPRES portal, porovnání různých kriterií optimality, interpretace získaných dat.
|
|
Studijní aktivity a metody výuky
|
|
Monologická (výklad, přednáška, instruktáž), Demonstrace
|
|
Výstupy z učení
|
Cílem tohoto předmětu je zvládnout teoretické a praktické aspekty rekonstrukce fylogeneze organismů. Modely pro praktické účely budou vybrány zejména z rostlin a mikroorganismů. Nicméně získané znalosti a dovednosti se dají aplikovat na všechny organismy a viry.
Po absolvování tohoto předmětu bude student schopen samostatně rekonstruovat fylogenezi na základě jednoho nebo několika genetických markerů.
|
|
Předpoklady
|
nespecifikováno
|
|
Hodnoticí metody a kritéria
|
Rozbor produktů pracovní činnosti studenta (technické práce)
- Účast na všech cvičeních - Zvládnutí vypočtení příkladu při zkoušce
|
|
Doporučená literatura
|
-
Philippe Lemey, Marco Salemi, Anne-Mieke Vandamme. The Phylogenetic Handbook: A Practical Approach to Phylogenetic Analysis and Hypothesis Testing 2nd Edition.
|