1) Úvod: molekulární techniky, klonování, PCR, fragmentační analýza, mikrosatelity, sekvenování, Next generation sequencing, pyrosekvenování, fosilní DNA. 2) Molekulární identifikace: určení druhu, jedince, pohlaví, výpočet distancí, K2P, genetické chiméry, DNA barcoding, metagenomika. 3) Paternita: určení rodičů, nutný počet lokusů, detekce partenogeneze a samooplození, metody, nulové alely, mutace, parental reconstruction, vzdálenější příbuznost, sestry, bratři, sestřenice, příbuzenský koeficient r. 4) Inbreeding: heterozygotnost, IR, d2, mutační modely mikrosatelitů, vliv jednotlivých lokusů versus celogenomový efekt. 5) Analýza populační struktury: Změny frekvencí alel, vliv driftu, mutací a migrace, Wahlundův princip, FST, GST, RST, D, G'ST, G''ST, AMOVA, Isolation by distance, model-based clustering. 6) Koalescence: landscape genetics, ABC, koalescence, fylogeografie, mismatch distribution, genealogické konkordance, detekce demografických událostí, skyline plot, koalescenční teorie a její využití pro odhad populačních parametrů. 7) mtDNA: vlastnosti refugií, ukazatele diversity, NCA versus testování hypotéz, koalescence a migrace, model isolation with migration, vytoužené a skutečné vlastnosti oblíbeného markeru - mtDNA, mezidruhový přenos, biparentální dědičnost, rekombinace, nukleární pseudogeny, konstantní mutační rychlost, surfing, introgrese při invazi. 8) Hybridizace: Ring species, gynogeneze, hybridogeneze, introgresivní hybridizace, asymetrická hybridizace, hybridní roje, cytonukleární nerovnováha, hybridní zóny, Bounded hybrid superiority model, tenzní zóny, analýza klinálních hybridních zón. 9) Selekce: sledování kandidátních genů, evidence pozitivní selekce, Ka/Ks a jiné testy, selekce a koalescence, MHC, reprodukční proteiny, detekce selekce na úrovni genomů, příklady recentních selekčních událostí, sledování exprese pomocí Real Time PCR, microarrays a next generation sequencing, proteomické přístupy.
|