Taxonomie jako věda. Význam taxonomie pro ostatní biologické discipliny. Významné osobnosti v dějinách taxonomie. Mikrotaxonomie: Fenon, taxon, kategorie. Kategorie druhu. Koncepce druhu - typologická, nominalistická a biologická. Definice. Taxon druh. Problematika taxonomické klasifikace polyploidních, apomiktických a autogamických rostlin. Hybridní a hybridogenní taxony u rostlin. Polytypické druhy. Význam a rozšíření polytypických druhů. Vnitrodruhové (infraspecifické) kategorie a termíny. Problém poddruhu. Makrotaxonomie: Teorie biologické klasifikace. Hlavní kroky v taxonomické proceduře. Vyšší kategorie a vyšší taxony. Principy hierarchické klasifikace. |Taxonomické znaky: morfologické a molekulární markery. Kladistika. Kladistická analýza, homologie a homoplasie. Znaky plesiomorfní a apomorfní. Polarizace znaků. Kladistická klasifikace, Pojetí monofylie (holofylie), rozdíly mezi kladistikou a evoluční systematikou. Metody rekonstrukce fylogeneze: distanční metody, parsimonie, maximum likelihood, bayesiánské inference, metody datování fylogenetických událostí, bayesiánská rekonstrukce ancestrálních znaků. Molekulární fylogenetika: molekulární datové soubory, zpracování chromatogramů, formáty znakových souborů, GEnBANK jako zdroj dat, používaný software pro molekulárně fylogenetické analýzy, multimarkerové soubory, parciální a total evidence analýza, nextgen data ve fylogenetice, studium evoluce znaků, podpora větví. Algoritmické metody delimitace druhů, barcoding, GMYC, PTP model, molekulární znaky pro definici druhů, hodnocení genetické diversity v geografickém prostoru. Mezinárodní pravidla botanické a zoologické nomenklatury (výběr nejdůležitějších pravidel, seznámení s anglicou terminologií, Code v originální anglické verzi).
|