|
Vyučující
|
-
Trávníček Bohumil, doc. RNDr. Ph.D.
-
Veselý Milan, doc. RNDr. Ph.D.
-
Janda Milan, Mgr. Ph.D.
|
|
Obsah předmětu
|
Taxonomie a její význam; dějiny klasifikace; fenon, taxon a kategorie; koncepce druhu, polytypické druhy a vnitrodruhové kategorie; vyšší taxony a hierarchická klasifikace; morfologické a molekulární znaky; homologie, homoplasie, polarizace znaků a mimoskupina; kladistika, monofylie a evoluční systematika; datové matice a alignment; distanční metody, parsimonie, maximální věrohodnost a bayesovská inference; podpora větví; molekulární hodiny, datování a rekonstrukce ancestrálních znaků; multimarkerová a fylogenomická data; DNA barcoding a algoritmická delimitace druhů; základy zoologické a botanické nomenklatury.
|
|
Studijní aktivity a metody výuky
|
|
Přednášení, Monologická (výklad, přednáška, instruktáž)
|
|
Výstupy z učení
|
Seznámit studenty s principy biologické klasifikace, taxonomie a fylogenetické systematiky a naučit je správně číst, interpretovat a základním způsobem vytvářet fylogenetické hypotézy z morfologických a molekulárních dat.
Student rozliší taxonomickou kategorii a taxon, vysvětlí hlavní koncepce druhu a zásady hierarchické klasifikace. Rozpozná homologii a homoplasii, plesiomorfní a apomorfní stav znaku, určí monofyletickou skupinu a správně interpretuje kladogram. Porovná základní metody rekonstrukce fylogeneze a vysvětlí význam podpory větví, molekulárního datování, delimitace druhů a nomenklatorických pravidel.
|
|
Předpoklady
|
Základní znalost obecné biologie, genetiky, evoluce a systému organismů v rozsahu úvodních bakalářských předmětů.
|
|
Hodnoticí metody a kritéria
|
Analýza výkonů studenta
Znalost základních taxonomických a fylogenetických pojmů, schopnost interpretovat fylogenetický strom a zdůvodnit základní kroky analýzy; úspěšné absolvování písemného nebo ústního ověření znalostí, případně jednoduchého praktického úkolu.
|
|
Doporučená literatura
|
-
Baum, D. A. & Smith, S. D. (2013). Tree Thinking: An Introduction to Phylogenetic Biology. Greenwood Village.
-
Hall, B. G. (2017). Phylogenetic Trees Made Easy: A How-To Manual. New York.
-
Lozano-Fernandez, J. A practical guide to design and assess a phylogenomic study. 2022.
-
Wiley, E. O. & Lieberman, B. S. (2011). Phylogenetics: Theory and Practice of Phylogenetic Systematics, 2nd edition. Hoboken.
|