|
Vyučující
|
-
Berka Karel, prof. RNDr. Ph.D.
-
Jurečka Petr, doc. RNDr. Ph.D.
|
|
Obsah předmětu
|
1. Teoretická a výpočetní chemie, přehled metod a přístupů 2. Struktura a energie, reprezentace molekul a atomistický pohled 3. Metody kvantové mechaniky, základní aproximace a metody, bázový set 4. Metody kvantové mechaniky, korelační energie, excitované stavy 5. Aplikace kvantové mechaniky 6. Molekulová mechanika a empirický potenciál, vazebné a nevazebné interakce 7. Molekulově dynamické simulace, modely rozpouštědla 8. Modelování proteinů, ionizační stavy, vazba protein-ligand, vzorkování fázového prostoru 9. Modelování nukleových kyselin, membrán
|
|
Studijní aktivity a metody výuky
|
|
Přednášení, Monologická (výklad, přednáška, instruktáž), Dialogická (diskuze, rozhovor, brainstorming), Aktivizující práce ve skupinách
|
|
Výstupy z učení
|
Předmět poskytuje základní přehled o uplatnění počítačového modelování v chemii. Zaměříme se na zkoumání struktury a dynamiky biomolekul (nukleové kyseliny, proteiny, atd.) a na nástin základních i moderních technik modelování.
|
|
Předpoklady
|
nespecifikováno
|
|
Hodnoticí metody a kritéria
|
Ústní zkouška
1) Účast na přednášce doporučená, zkouška probíhá ústní formou. 2) Student musí být schopen diskuze na uvedené téma (jedna otázka).
|
|
Doporučená literatura
|
-
Cramer, C. J. (2004). Essentials of Computational Chemistry. Theories and Models. New York.
-
Hinchliffe, A. (2008). Molecular Modelling for Beginners, 2nd ed.. New York.
-
Jensen, F. (1999). Introduction to Computational Chemistry. New York.
|