|
Vyučující
|
-
Krepl Miroslav, RNDr.
-
Berka Karel, prof. RNDr. Ph.D.
|
|
Obsah předmětu
|
Popis struktury biomolekul a jejich hierarchie, proteiny, nukleové kyseliny Ukládání struktury, formáty a její získávání experimentem - X-ray krystalografie, NMR, EM a další techniky Databáze PDB, NDB Ostatní databáze (CATH, SCOP, Drugbank) Vizualizace struktury, strukturní porovnávání Predikce struktury a funkce Kontrola kvality predikce, CASP Hledání léčiv - Docking, klastrování Výzvy strukturní bioinformatiky - membránové proteiny, nukleové kyseliny, predikce protein-proteinových interakcí
|
|
Studijní aktivity a metody výuky
|
Monologická (výklad, přednáška, instruktáž), Nácvik pohybových a pracovních dovedností
- Příprava na zkoušku
- 60 hodin za semestr
|
|
Výstupy z učení
|
Posluchači se seznámí se strukturní bioinformatikou - podskupinou bioinformatiky, která využívá znalosti struktury biomakromolekul ke studiu vztahu mezi strukturou biomakromolekul a jejich biologickou funkcí.
Definovat hlavní pojmy, popsat hlavní přístupy aplikované na strukturní bioinformatiku proteinů
|
|
Předpoklady
|
nespecifikováno
|
|
Hodnoticí metody a kritéria
|
Ústní zkouška, Rozbor produktů pracovní činnosti studenta (technické práce)
Student musí prokázat schopnost diskutovat na téma zvolené zkoušejícím (2 otázky) a zároveň úspěšně vyřešit bioinformatickou úlohu podle prováděných cvičení.
|
|
Doporučená literatura
|
-
Burley, S. K. et al. Updated resources for exploring experimentally-determined PDB structures and Computed Structure Models at the RCSB Protein Data Bank. Nucleic Acids Research, 53(D1), D564?D574. 2025.
-
Gáspári, Z. (2020). Structural Bioinformatics: Methods and Protocols. Methods in Molecular Biology, vol. 2112.
-
Gu, J. & Bourne, P. E. (2009). Structural Bioinformatics (2nd ed.).
-
Jumper, J., Evans, R., Pritzel, A. et al. Highly accurate protein structure prediction with AlphaFold. Nature, 596, 583?589. 2022.
-
Kagaya, Y., Liu, B. & Kihara, D. Computational approaches for RNA structure prediction and design. Cell Reports Physical Science, 7(2), 103097. 2026.
-
Leach AR. (2001). Molecular Modelling - Principles and Applications (2 edition). Pearson Education.
-
Orengo CA., Jones DT., Thornton JM. (Eds.). (2003). Bioinformatics - Genes, Proteins and Computers.
-
Voet D. & Voet JG. (2004). Biochemistry (3rd edition).
|