|
Vyučující
|
-
Berka Karel, doc. RNDr. Ph.D.
-
Jurečka Petr, doc. RNDr. Ph.D.
-
Zgarbová Marie, Mgr. Ph.D.
|
|
Obsah předmětu
|
1. Zdroje vstupních struktur a dat pro modelování, formáty a databáze 2. Molekulová mechanika, adiabatická MM, propagace souřadnic 3. Empirické potenciály, základy popisu intra a intermolekulárních interakcí. Vývoj empirických potenciálů a moderní přístupy 4. Simulace za reálných podmínek, simulace v krystalu a v kapalné fázi, zohlednění teploty a tlaku. 5. Modelování a srovnání s experimentem 6. Modelování proteinů, ionizační stavy 7. Modelování nukleových kyselin, struktury DNA, RNA 8. Modelování membrán, povrchové napětí, speciální periodické podmínky 9. Vzorkování fázového prostoru, moderní metody vzorkování. Hardwarové aspekty MM 10. Limitace MM empirickými potenciály a možnosti zapojení kvantově-mechanických výpočtů 11. Aplikace molekulového modelování, de novo předpovědi, pomoc při interpretaci experimentu a výhledy molekulového modelování
|
|
Studijní aktivity a metody výuky
|
|
nespecifikováno
|
|
Výstupy z učení
|
Přednáška se soustředí na základy počítačového modelování metodami molekulové mechaniky, se zaměřením na modelování biomolekul.
|
|
Předpoklady
|
nespecifikováno
|
|
Hodnoticí metody a kritéria
|
nespecifikováno
|
|
Doporučená literatura
|
-
Finkelstein, A.; Ptitsyn, O. (2016). Protein Physics. Academic Press.
-
Clark, T. (1985). A Handbook of Computational Chemistry. John Wiley & Sons, New York.
-
Havlas, Z. (1997). Metody a aplikace teoretické chemie. ÚOCHB Praha.
-
Leach A. R. (2001). Molecular modelling. Prentice Hall, London.
-
Neidle, S. (2007). Principles of Nucleic Acid Structure. Academic Press.
|