| Název předmětu | Molekulární modelování |
|---|---|
| Kód předmětu | KFC/MOMO |
| Organizační forma výuky | Seminář |
| Úroveň předmětu | Bakalářský |
| Rok studia | nespecifikován |
| Semestr | Zimní |
| Počet ECTS kreditů | 2 |
| Vyučovací jazyk | Čeština |
| Statut předmětu | Povinně-volitelný, Volitelný |
| Způsob výuky | Kontaktní |
| Studijní praxe | Nejedná se o pracovní stáž |
| Doporučené volitelné součásti programu | Není |
| Vyučující |
|---|
|
| Obsah předmětu |
|
Během semináře řeší studenti samostatně pod vedením instruktorů řadu praktických příkladů. I Teorie 1. Co je výpočetní chemie, metody 2. Hyperplocha potenciální energie, minima a tranzitní stavy 3. Úvod do kvantové chemie 4. Úvod do molekulové mechaniky a dynamiky II Praktické úlohy 1. Formáty zápisu souřadnic molekulárního systému (XYZ, Z-matice, PDB, mmCIF, SDF, SMILES) 2. Stavba molekul 3. Databáze proteinů a nukleových kyselin 4. Optimalizace vs. Single Point výpočty 5. Sken povrchu potenciální energie 6. Molekulové orbitaly 7. Výpočet frekvencí a termodynamických veličin 8. Simulace molekulové dynamiky peptidu či nukleosidu - výpočet trajektorie 9. Analýza parametrů (torzní úhly, RMSD, gyrační poloměr) podél trajektorie
|
| Studijní aktivity a metody výuky |
Monologická (výklad, přednáška, instruktáž)
|
| Výstupy z učení |
|
Cílem semináře je seznámit studenty s praktickými ukázkami molekulového modelování.
popsat a rozpoznat základní postupy a metody molekulového modelování |
| Předpoklady |
|
nespecifikováno
|
| Hodnoticí metody a kritéria |
|
Analýza výkonů studenta
100% účast na cvičeních, prokázání schopnosti samostatně pracovat s vybraným chemickým software (v oblasti molekulového modelování) |
| Doporučená literatura |
|
| Studijní plány, ve kterých se předmět nachází |
| Fakulta | Studijní plán (Verze) | Kategorie studijního oboru/specializace | Doporučený semestr | |
|---|---|---|---|---|
| Fakulta: Přírodovědecká fakulta | Studijní plán (Verze): Bioorganická chemie a chemická biologie (2020) | Kategorie: Chemické obory | 1 | Doporučený ročník:1, Doporučený semestr: Zimní |
| Fakulta: Přírodovědecká fakulta | Studijní plán (Verze): Analytická chemie (2021) | Kategorie: Chemické obory | - | Doporučený ročník:-, Doporučený semestr: Zimní |
| Fakulta: Přírodovědecká fakulta | Studijní plán (Verze): Anorganická a bioanorganická chemie - specializace Anorganické materiály (2021) | Kategorie: Chemické obory | - | Doporučený ročník:-, Doporučený semestr: Zimní |
| Fakulta: Přírodovědecká fakulta | Studijní plán (Verze): Bioorganická chemie a chemická biologie (2020) | Kategorie: Chemické obory | 2 | Doporučený ročník:2, Doporučený semestr: Zimní |
| Fakulta: Přírodovědecká fakulta | Studijní plán (Verze): Učitelství chemie pro střední školy maior (2019) | Kategorie: Pedagogika, učitelství a sociální péče | - | Doporučený ročník:-, Doporučený semestr: Zimní |
| Fakulta: Přírodovědecká fakulta | Studijní plán (Verze): Biotechnologie a genové inženýrství (2019) | Kategorie: Chemické obory | - | Doporučený ročník:-, Doporučený semestr: Zimní |
| Fakulta: Přírodovědecká fakulta | Studijní plán (Verze): Aplikovaná chemie (2022) | Kategorie: Chemické obory | 2 | Doporučený ročník:2, Doporučený semestr: Zimní |
| Fakulta: Přírodovědecká fakulta | Studijní plán (Verze): Molekulární a buněčná biologie (2021) | Kategorie: Biologické obory | - | Doporučený ročník:-, Doporučený semestr: Zimní |