|
Vyučující
|
-
Berka Karel, doc. RNDr. Ph.D.
-
Polishchuk Pavlo, M.Sc., Ph.D.
|
|
Obsah předmětu
|
Racionální návrh léčiv (angl. "Drug design") je hledání nových léčiv za pomoci znalosti biologického cíle s využitím celé škály nejčastěji počítačových technik, které mají za cíl napomoci s výběrem látek pro biologické testování. Přednáška je doplňována řadou praktických cvičení, v průběhu kterých si studenti sami vyzkouší diskutované metody na počítačích. 1. Úvod do problematiky 2. Objevování nových biologicky aktivních látek 3. Farmakologické a fyzikálně chemické vlastnosti látek 4. Cvičení: software - výpočty vlastností, webové aplikace, databáze 5. Farmakologické cíle a struktura biomolekul 6. Cvičení: vizualizace, PDB databáze, soubory, elektronová hustota 7. Dokování, molekulová mechanika a dynamika 8. Cvičení: dokování a molekulová mechanika a dynamika 9. Metody pro výpočty vazebné volné energie, IC50 a inhibičních konstant 10. Cvičení: skórovací funkce 11. Cvičení: pokročilé metody pro výpočty vazebné volné energie 12. Vývoj a budoucnost farmaceutického průmyslu Přednáška navazuje na přednášku Drug Design - Racionální návrh léčiv (KFC/DD)
|
|
Studijní aktivity a metody výuky
|
Monologická (výklad, přednáška, instruktáž), Nácvik pohybových a pracovních dovedností
- Příprava na zkoušku
- 60 hodin za semestr
|
|
Výstupy z učení
|
Cílem předmětu je rozšíření přehledu a praktických dovedností s ohledem na využití výpočetních metod používaných v moderním návrhu léčiv.
Definovat hlavní pojmy, popsat hlavní přístupy aplikované na návrh léčiv in silico metodami a jejich vyzkoušení na modelových příkladech.
|
|
Předpoklady
|
Doporučuje se zápis předmětu v 1. ročníku navazujícího magisterského studia, případně později.
|
|
Hodnoticí metody a kritéria
|
Ústní zkouška
Provést krátký projekt návrhu léčiva dle vlastní volby k projevení získaných znalostí, prokázat schopnost diskutovat na téma zvolené zkoušejícím.
|
|
Doporučená literatura
|
-
Abraham, D.J., Rotella, P.R. (2010). Burger's Medicinal Chemistry, Drug Discovery and Development (7th edition). Wiley.
-
Alvarez, J. & Shoichet B. (Eds.). (2005). Virtual Screening in Drug Discovery. Taylor&Francis.
-
Krogsgaard-Larsen, P., Stromgaard, K., Madsen, U. (2010). Textbook of Drug Design and Discovery (4th Ed.). CRC Press.
-
Leach AR. (2001). Molecular Modelling - Principles and Applications (2 edition). Pearson Education.
-
Young, D.C. (2009). Computational Drug Design. Wiley.
-
Young D.C. (2001). Computational Chemistry, a Practical Guide for Applying Techniques to Real World Problems. Wiley.
|