|
Vyučující
|
|
|
|
Obsah předmětu
|
Úvod. Omics přístupy - metabolomika, genomika, proteomika. Cílená vs. necílená analýza. Metabolic fingerprinting. Vysvětlení základních pojmů. Klasické instrumentace (LC-MS, GC-MS, NMR), jejich popis a specifikace. MS detektory s vysokým rozlišením. Design metabolomického experimentu. Princip diferenční analýzy. Kvantitativní analýza 3D chromatogramů (LC-MS a GC-MS), princip a používaný software. Redukce proměnných seskupením fragmentů. Metody určení přesné hmoty a elementárního složení látek. Předběžná identifikace látek pomocí online databází a specializovaného software. Korelační analýza a metody vizualizace. Transformace a standardizace dat. Metody vícerozměrné analýzy (shluková a ordinační analýza) a jejich interpretace. Kandidáti aktivních látek. Rostlinná a humánní metabolomika, příprava vzorků a používané standardy. Analýza primárních a sekundárních metabolitů. Příklady metabolomických experimentů a instrumentace. Metody vyhledávání biomarkerů.
|
|
Studijní aktivity a metody výuky
|
|
Přednášení
|
|
Výstupy z učení
|
Znalost základních metod a postupů práce v metabolomice.
Student bude schopen navrhnout metabolomický experiment, vybrat optimální analytické metody a vhodný způsob vyhodnocení experimentálních dat.
|
|
Předpoklady
|
nespecifikováno
|
|
Hodnoticí metody a kritéria
|
Ústní zkouška, Písemná zkouška
70% úspěšnost u písemného testu
|
|
Doporučená literatura
|
-
K. Saito, R.A. Dixon, and L.Willmitzer. (2006). Plant Metabolomics.
-
Nigel W. Hardy and Robert D. Hall. (2012). Plant Metabolomics.
-
Wolfram Weckwerth. (2007). Metabolomics.
|