|
Vyučující
|
-
Mistrík Martin, Mgr. Ph.D.
-
Überall Ivo, Ing. Ph.D.
-
Kadlecová Alena, Mgr.
|
|
Obsah předmětu
|
Přehled metod pořizování obrazových dat v biologii a jejich následného zpracování a analýzy. Principy a aplikace moderních mikroskopických technik včetně transmisní, fluorescenční, konfokální a super-rezoluční mikroskopie. Seznámení se speciálními bezbarvivovými (?label-free?) zobrazovacími metodami, zejména Ramanovou, infračervenou a Brillouinovou mikroskopií.Předmět dále pokrývá současné detekční systémy používané v mikroskopii (digitální kamery, spektrální detektory, fotonásobiče), principy digitalizace obrazového signálu a základy počítačové grafiky. Studenti se seznámí se softwarovým zpracováním digitálního obrazu, správou, archivací a FAIRifikací obrazových dat. Součástí výuky jsou principy manuálního i automatizovaného měření biologických objektů v digitálních obrazech a ukázky praktického využití analýzy obrazu v patologii, hematologii, buněčné biologii a biomedicínském výzkumu. Praktická část je zaměřena na pořízení obrazových dat, jejich předzpracování, segmentaci, kvantifikaci vybraných parametrů a základní statistické vyhodnocení s využitím softwaru ImageJ/Fiji.
|
|
Studijní aktivity a metody výuky
|
|
Přednášení, Demonstrace, Pracovní činnosti (dílny)
|
|
Výstupy z učení
|
Předmět seznamuje studenty s principy pořizování, zpracování a analýzy obrazových dat v biologii se zaměřením na světelnou mikroskopii. Studenti získají přehled o moderních zobrazovacích technikách, principech digitalizace obrazu, správě obrazových dat a metodách kvantitativní analýzy biologických struktur pomocí specializovaného softwaru.
Znát a vysvětlit: Způsoby pořizování obrazových dat v biologii a využití analýzy obrazu. Zahrnuje současná dokumentační zařízení, klasické a digitální fotoaparáty, TV a digitální kamery, digitalizace signálu. Makrofotografie a mikrofotografie. Základy počítačové grafiky, software a hardware. Pořizování a archivace obrazových dat, principy manuálního a automatického měření biologických objektů. Předzpracování a zpracování obrazu. Praktická výuka zpracování obrazových dat pomocí Matlabu.
|
|
Předpoklady
|
Seznámit se se způsoby pořizování obrazových dat v biologii a analýzy obrazu.
|
|
Hodnoticí metody a kritéria
|
Rozbor produktů pracovní činnosti studenta (technické práce)
Minimálně 80 % účast na seminářích, vlastní notebook pro praktická cvičení, úspěšné absolvování písemné zkoušky.
|
|
Doporučená literatura
|
-
Georges, G. (2005). Digitální fotografie: 100 praktických návodů a tipů.
-
Harnischmacher, C. (2007). Closeup Shooting: A Guide to Closeup, Tabletop and Macro Photography. Rocky Nook.
-
John C. Russ. The Image Processing Handbook, CRC Press, 2010..
-
Sedlářová a kol. (2013). Mikroskopie a obrazová analýza.
-
Thompson, R. (2006). Naučte se fotografovat dobře makro a detail.
|