Typy vazeb, iontové interakce, interakce iontů s dipóly, interakce iontů s indukovanými dipóly, van der Waalsovy interakce, dipól-dipólové interakce, interakce dipólů s indukovanými dipóly, interakce indukovaných dipólů, kovalentní vazby, teorie molekulových orbitalů, vodíkové vazby. Proteiny a nukleové kyseliny, interakce stabilizující jejich strukturu, vodíkové vazby, solné můstky, hydrofobní interakce, vliv okolního prostředí (pH, iontová síla). Reaktivní skupiny proteinů a nukleových kyselin, jejich kovalentní interakce, kvantitativní charakteristika kovalentních interakcí. Nekovalentní interakce proteinů a nukleových kyselin, kvantitativní charakterizace nekovalentních interakcí, vazebné konstanty, modely s více vazebnými místy vazba do malého a velkého žlábku DNA, interkalace. Strukturní motivy nekovalentních interakcí, vazba do malého a velkého žlábku DNA, interkalace, vazebné kapsy. Design spektroskopického experimentu pro zkoumání molekulárních interakcí, přímý experiment, kompetitivní experiment, značení biomolekul a ligandů, vyhodnocení experimentu. Nerovnovážné interakce, kinetika reakcí, mechanismy inhibice enzymových reakcí, experimentální metody sledování kinetiky na různých časových škálách. Modelování molekulárních interakcí, molekulární docking, kvantově-chemické metody.
|
-
Bergethon, P. R. (1998). The physical basis of biochemistry: the foundations of molecular biophysics. New York: Springer.
-
Kubala, M., et al. (2003). Limitations in linearized analyses of binding equilibria: binding of TNP-ATP to the H4-H5 loop of Na / K-ATPase. Eur. J. Biophys. 32, 363-369.
-
Pingoud, A., Urbanke, C., Hoggett J., Jeltsch, A. (2002). Biochemical Methods: A Concise Guide for Students and Researchers. Weinheim.
-
Tuszynski, J. A., & Kurzynski, M. (2003). Introduction to molecular biophysics. Boca Raton: CRC Press.
|