|
Vyučující
|
-
Kopečný David, Mgr. Ph.D.
|
|
Obsah předmětu
|
1. Optická rotační disperze a cirkulární dichroismus, CD spektra proteinů a nukleových kyselin, statický a dynamický rozptyl světla, intereferometrie na biologické vrstvě. 2. Maloúhlový RTG rozptyl (SAXS), Guinierův graf, Krátkého graf, párová distanční distribuční funkce, neutronový rozptyl. 3. Rentgenová krystalografie biopolymerů, krystalové soustavy, Bravaisovy mřížky, Braggův zákon, Millerovy indexy, strukturní faktory, měření rentgenové difrakce, výpočet mapy elektronových hustot, fázový problém, metody anomálního rozptylu a isomorfního nahrazení, rozlišení. 4. Kryo-elektronová tomografie (kryo-ET) a kryo-elektronové mikroskopie (kryo-EM), metody pozitivního a negativního kontrastu. 5. Termoforéza v malém měřítku (MST), rezonance povrchového plasmonu (SPR). 7. Kalorimetrie, izotermální titrační kalorimetrie (ITC), diferenciální skenovací kalorimetrie (DSC). 8. Fluorometrie, diferenciální skenovací fluorometrie (DSF), Försterův rezonanční přenos energie (FRET), bimolekulární fluorescenční komplementace (BiFC), analýza zprostředkované membránové vazby (MeRA). 8. Voltametrická a polarografická analýza makromolekul. 9. Kvasinkový dvouhybridní systém (Y2H), rovnovážná dialýza, koimunoprecipitace, filter binding assay.
|
|
Studijní aktivity a metody výuky
|
Přednášení
- Příprava na zkoušku
- 55 hodin za semestr
- Účast na výuce
- 26 hodin za semestr
|
|
Výstupy z učení
|
Studenti získávají informace o metodách studia struktur makromolekul (proteinů a nukleových kyselin) a studia stability a dále vazebných interakcí jako protein/protein, protein/ligand, protein/nukleová kyselina.
Prohloubení znalostí moderních metod biochemie a strukturní biologie získaných absolvováním přednášky KBC/SSIM se zaměřením na metody studia inerakcí makromolekil prokládáné názornými příklady.
|
|
Předpoklady
|
Předmět je určen magisterským studentům biochemie a další studentům v chemických a biologických oborech.
|
|
Hodnoticí metody a kritéria
|
Ústní zkouška
Úspěšné složení ústní zkoušky.
|
|
Doporučená literatura
|
-
Nordén, B., Rodger, A., Dafforn, T. (2010). Linear Dichroism and Circular Dichroism: A Textbook on Polarized-Light Spectroscopy. Cambridge.
-
Serdyuk, I. N., Nathan R., Zaccai, J. (2007). Methods in Molecular Biophysics : Structure, Dynamics, Function. Cambridge.
-
Waseda, Y., Matsubara, E., Shinoda, K. (2011). X-ray Diffraction Crystallography. Heidelberg.
|