|
Vyučující
|
-
Šebela Marek, prof. Mgr. Dr.
-
Frébort Ivo, prof. RNDr. CSc., Ph.D.
|
|
Obsah předmětu
|
Genome and chromosome structure. Genetic, cytological and physical maps. Contig maps and clone banks. Genes and accompanying sequences. Pseudogenes. Intergenic DNA. Repetitive sequences and mobile elements. Human genome. Mapping of human genome. Sequencing of human genome. Genes and non-coding DNA in human genome. Repetitive sequences in human genome. Single nucleotide polymorphism. HapMap and Genome 1000 projects. Comparative genomics. Syntheny. Paleogenomics. Matagenomics. Sequencing methods of 2nd and 3rd generation. Pyrosequencing. Reversible cyclic termination. SMRT (single molecule real-time) sequencing. Sequencing principles of following companies: Illumina, Roche, PacBio, SOLiD, Ion Torrent, Oxford Nanopores. Functional genome testing based on RNA analysis. DNA arrays and gene chips. Affymetrix chips. RNA-seq. Chip-seq. Methyl-seq. Genome databases: GeneBank, EMBL-bank, Ensembl, TAIR (Arabidopsis). BLAST/BLAT.
|
|
Studijní aktivity a metody výuky
|
|
Dialogická (diskuze, rozhovor, brainstorming)
|
|
Výstupy z učení
|
Náplni předmětu jsou metody získávání informací o struktuře genomu, především se zaměřením na metody masivního paralelního sekvenování, dále metody genetického mapování, anotace genů a dalších funkčních elementů. Databáze sekvencí DNA. Popis struktury chromosomů a funkčních částí genomu: kódující sekvence a repetitivní sekvence. Komparativní genomika se zaměřením na modelové genomy: Caenorhabditis elegans, Drosophila melanogaster, Arabidopsis thaliana a Homo sapiens. Polymorfismus DNA. Metody celogenomových přístupů: Affymetrix, RNAseq, ChiP-Seq.
|
|
Předpoklady
|
Úspěšně absolvované bakalářské a magisterské studium oboru biochemie.
|
|
Hodnoticí metody a kritéria
|
Ústní zkouška
Komise - zkouška - úspěšné zvládnutí odpovědí na tři širší otázky.
|
|
Doporučená literatura
|
-
Alberts, B. Molecular Biology of Cell, 6th edition, Garland Publishing (2015)..
-
Brown, T.A. Genomes. John Wiley and Sons, Inc., New York, 1999..
-
Gibson, C, Muse, S.V. A Primer Of Genome Science, Sinauer Associate (2009).
-
Snustad, D. P., Simmons, M. J. (2017). Genetika. Brno: Munipress.
-
Snustad D.P. a Simmons M.J. Principles of Genetics, 7th edition, John Wiley and Sons (2016).
|