Předmět: Pokročilá analýza biologických dat

» Seznam fakult » PRF » KBC
Název předmětu Pokročilá analýza biologických dat
Kód předmětu KBC/PABD
Organizační forma výuky Seminář
Úroveň předmětu Magisterský
Rok studia nespecifikován
Semestr Zimní
Počet ECTS kreditů 2
Vyučovací jazyk Čeština
Statut předmětu Povinný
Způsob výuky Kontaktní
Studijní praxe Nejedná se o pracovní stáž
Doporučené volitelné součásti programu Není
Vyučující
  • Friedecký David, prof. RNDr. Ph.D.
  • Kvasnička Aleš, Mgr. Ph.D.
Obsah předmětu
Předmět vyžaduje pochopení základních statistických metod, které byly prezentovány v předmětu "Základní statistické zpracování dat". Přesuneme se od jednorozměrných k vícerozměrným statistickým metodám a zaměříme se na to, jak je vizualizovat. Budou diskutovány typické problémy mnohorozměrné statistiky (chybějící hodnoty, nuly; transformace dat; vztah mezi proměnnými - korelace). Budou studovány metody hlavních komponent (PCA) a její intepretace (konstrukce, interpretace, grafické výstupy - biplot), shluková analýza (dendrogram, self organizing maps), klasifikační přístupy (PLS-DA, OPLS-DA) a jejich využití v diagnostice/predikci onemocnění. Pro tyto účely budeme pracovat v software Statistica a SIMCA. Předmět bude dále zaměřen na statistické metody a postupy používané v laboratorní diagnostice jako např. analýza přežití, Bland-Altman pro porovnání dvou metod, korelační matice, nástroje pro kontrolu kvality a další.

Studijní aktivity a metody výuky
nespecifikováno
Výstupy z učení
Předpoklady
nespecifikováno

Hodnoticí metody a kritéria
nespecifikováno
Doporučená literatura
  • Dharmaraja Selvamuthu, Dipayan Das. (2018). Introduction to Statistical Methods, Design of Experiments and Statistical Quality Control.
  • Editor: Bernd Mayer. (2011). Bioinformatics for Omics Data: Methods and Protocols.
  • Hans-Michael Kaltenbach. (2021). Statistical Design and Analysis of Biological Experiments.
  • Shuzhao Li. (2020). Computational Methods and Data Analysis for Metabolomics.


Studijní plány, ve kterých se předmět nachází
Fakulta Studijní plán (Verze) Kategorie studijního oboru/specializace Doporučený ročník Doporučený semestr
Fakulta: Přírodovědecká fakulta Studijní plán (Verze): Analytický biochemik (2024) Kategorie: Chemické obory 2 Doporučený ročník:2, Doporučený semestr: Zimní