| Název předmětu | Genetické mapování a DNA markery |
|---|---|
| Kód předmětu | KBC/GEMAP |
| Organizační forma výuky | Seminář |
| Úroveň předmětu | Magisterský |
| Rok studia | nespecifikován |
| Semestr | Letní |
| Počet ECTS kreditů | 2 |
| Vyučovací jazyk | Čeština |
| Statut předmětu | Volitelný |
| Způsob výuky | Kontaktní |
| Studijní praxe | Nejedná se o pracovní stáž |
| Doporučené volitelné součásti programu | Není |
| Vyučující |
|---|
|
| Obsah předmětu |
|
1. Typy molekulárních markerů. Markery fenotypové, proteinové a DNA a jejich výhody a nevýhody. Typy polymorfizmů vhodných pro odvozování markerů. Markery založené na hybridizaci a PCR. 2. Praktické postupy odvozování DNA markerů, identifikace sekvencí DNA vhodných pro navrhování markerů. Využití sekvencí proteinů pro identifikaci a odvozování markerů a bioinformatické a databázové nástroje. 3. Postupy odvozování markerů pro cílovou oblast genomu a odvozování markerů takzvanými "high-throughput" metodami. Markery vhodné pro mapování a pro fylogenetické analýzy. 4. Základní principy konstrukce map genomů. Typy map a mapovacích populací a jejich optimální použití. Analýza genotypovacích dat a jejich použití pro konstrukci mapy. Pojmy genetická a fyzická mapa. 5. Dostupné nástroje pro konstrukci vazebných map. Demonstrace použití softwarů JoinMap a MultiPoint. 6. Možnosti integrace genetických a fyzických map. "Consensus" mapy.
|
| Studijní aktivity a metody výuky |
Přednášení
|
| Výstupy z učení |
|
Předmět je určen pro studenty studijního programu Bioinformatika. V adekvátní a stručné formě budou studenti seznámeni se odvozováním DNA markerů ze všech možných polymorfizmů DNA a jejich využití při konstrukci genetických map a fylogenetických analýz.
Studenti získají přehled o nástrojích k praktickému odvozování markerů a jejich využití ke konstrukci genetických map. |
| Předpoklady |
|
Úspěšné zvládnutí požadavků bakalářského studia; úspěšné absolvování předmětu KBB/GENOM.
|
| Hodnoticí metody a kritéria |
|
Ústní zkouška
Úspěšné složení kolokvia - získání alespoň 60% bodů. |
| Doporučená literatura |
|
| Studijní plány, ve kterých se předmět nachází |
| Fakulta | Studijní plán (Verze) | Kategorie studijního oboru/specializace | Doporučený semestr | |
|---|---|---|---|---|
| Fakulta: Přírodovědecká fakulta | Studijní plán (Verze): Biochemie (2022) | Kategorie: Chemické obory | - | Doporučený ročník:-, Doporučený semestr: Letní |
| Fakulta: Přírodovědecká fakulta | Studijní plán (Verze): Bioinformatika (2021) | Kategorie: Informatické obory | - | Doporučený ročník:-, Doporučený semestr: Letní |
| Fakulta: Přírodovědecká fakulta | Studijní plán (Verze): Analytický biochemik (2024) | Kategorie: Chemické obory | - | Doporučený ročník:-, Doporučený semestr: Letní |