|
Vyučující
|
-
Šebela Marek, prof. Mgr. Dr.
|
|
Obsah předmětu
|
1) Spektrofotometrická kvantifikace proteinů (Bradford, BCA, UV absorpce) 2) Elektroforéza v polyakrylamidovém gelu v přítomnosti dodecylsíranu sodného (SDS-PAGE) 3) Isoelektrická fokusace v polyakrylamidovém gelu 4) Skenování gelu, analýza obrazu (programy LabScan a GelAnalyzer) 5) Vyřezání skvrn, proces redukce a alkylace vzorku, proteolytické štěpení vzorku v gelu a roztoku 6) Odsolování proteinových a peptidových vzorků, peptidové mapování na hmotnostním spektrometru MALDI-TOF (programy mMass a Mascot), počítačová predikce štěpení proteinů (programy Protein Cutter a Peptide Mass) 7) Měření tandemových hmotnostních spekter na přístroji MALDI-TOF/TOF, vyhodnocení dat 8) De novo sekvencování proteinů na přístroji MALDI-TOF/TOF, vyhodnocení dat 9) nLC-MALDI MS/MS analýza komplexního proteinového vzorku, vyhodnocení dat 10) Měření MALDI-TOF proteinových profilů intaktních mikroorganismů, vyhodnocení dat (dendrogramy)
|
|
Studijní aktivity a metody výuky
|
Dialogická (diskuze, rozhovor, brainstorming), Laborování, Aktivizující práce ve skupinách
- Účast na výuce
- 78 hodin za semestr
- Domácí příprava na výuku
- 100 hodin za semestr
|
|
Výstupy z učení
|
Studenti provádí praktické experimenty s cílem naučit se používat základní analýzy plus separační a instrumentální metody používané v proteomice.
Studenti se učí aplikovat a procvičovat základní proteomické postupy a metody.
|
|
Předpoklady
|
Potřebné jsou znalosti a dovednosti získané úspěšným absolvováním předmětů KBC/BCH Základy biochemie, nebo KBC/UBC(H) Úvod do biochemie, případně KBC/ZBINF(ZBINU) Základy bioinformatiky. Předmět rovněž prakticky rozvíjí znalosti z KBC/PROT Proteomika a KBC/BIME Biochemické metody.
KBC/PROT
|
|
Hodnoticí metody a kritéria
|
Analýza výkonů studenta, Rozbor produktů pracovní činnosti studenta (technické práce), Systematické pozorování studenta
Úspěšné absolvování zadaných laboratorních úloh, zpracování dat a odevzdání příslušných protokolů.
|
|
Doporučená literatura
|
-
Link, A.J.; LaBaer, J. (2009). Proteomics: A Cold Spring Harbor Laboratory Course Manual. Cold Spring Harbor, USA.
-
Link, Andrew J., LaBaer, Joshua. (2009). Proteomics. A Cold Spring Harbor Laboratory Course Manual. CSH Press, Cold Spring Harbor, New York.
-
Mirzaei, H.; Carrasco, M. (Eds.). (2016). Modern Proteomics: Sample Preparation, Analysis and Practical Applications. Cham, Switzerland.
|