|
Vyučující
|
-
Šebela Marek, prof. Mgr. Dr.
|
|
Obsah předmětu
|
Úvod. Zásady práce s biologickým materiálem. Homogenizace tkání a extrakce obsahu buněk. Extrakční a precipitační metody. Centrifugační metody. Preparativní a analytická centrifugace, centrifugace v hustotním gradientu. Dialýza a její provedení. Ultrafiltrace. Lyofilizace. Chromatografické metody. Adsorpční, iontoměničová, gelová a afinitní chromatografie. HPLC a perfúzní chromatografie. Chromatofokusace. Elektromigrační metody. Gelová elektroforéza. Isoelektrická fokusace a 2D elektroforéza. Blotting. Kapilární elektroforéza. Metody studia proteinů. Stanovení koncentrace proteinů, analýza aminokyselinového složení, sekvenční analýza, peptidové mapování, studium postranslačních modifikací proteinů, chemické modifikace proteinů, studium stability, chemická syntéza peptidů. Hmotnostní spektrometrie proteinů, fingerprinting peptidových hmotností, de novo sekvencování, charakterizace postranslačních modifikací, proteiny jako biomarkery v medicíně. Analýza nukleových kyselin. Mapování DNA restrikčními endonukleasami, DNA čipy, sekvencování DNA, polymerázová řetězová reakce (PCR), chemická syntáza oligonukleotidů. Imunochemické metody. Polyklonální a monoklonální protilátky. Imunodifúze a imunoelektroforéza. ELISA, imunoblotting. Průtoková cytometrie. Spektroskopické metody. Absorpční spektroskopie. Fluorescenční spektroskopie. Infračervená a Ramanova spektroskopie. Mösbauerova spektroskopie. Chiroptické metody. Resonanční spektroskopické metody - NMR a EPR. Krystalizace proteinů. Rentgenová strukturní analýza. Elektrochemické metody v biochemii. Polarografie a voltametrie. Biosenzory. Mikrokalorimetrie. Metody určování velikosti a tvaru biomakromolekul. Interakce biomakromolekul s ligandy. Studium rychlých reakcí. Tlumivé roztoky, měření pH a vodivosti. Enzymová analýza. Spřažené reakce. Chromogenní a fluorogení substráty. Radioaktivita a její měření. Autoradiografie. Imaging.
|
|
Studijní aktivity a metody výuky
|
Přednášení
- Příprava na zkoušku
- 75 hodin za semestr
- Účast na výuce
- 39 hodin za semestr
|
|
Výstupy z učení
|
Studenti se seznamují se separačními metodami a metodami instrumentální analýzy, které se používají v současné biochemii.
Studenti budou schopni definovat hlavní pojmy a popsat hlavní experimentální metody používané v biochemické laboratoři.
|
|
Předpoklady
|
Pro pochopení látky je nutná pokročilá orientace v tématech vyučovaných v rámci předmětu KBC/BCH Základy biochemie.
KBC/BCH
|
|
Hodnoticí metody a kritéria
|
Písemná zkouška
Úspěšné složení písemné zkoušky - získání alespoň 50% bodů. Hodnocení: 20 - 18 b. A (1) 18 - 16.b B (1-2) 16 - 14 b. C (2) 14 - 12 b. D (2-3) 12 - 10 b. E (3)
|
|
Doporučená literatura
|
-
Anzenbacher P., Kovář J. (1986). Metody chemického výzkumu pro biochemiky. MŠ ČSR Praha.
-
Bhaskar, A. (2014). Biochemical Methods: A Practical Approach. Alpha Science International Ltd., Oxford.
-
Gault, V.A.; McClenaghan, N.H. (2009). Understanding Bioanalytical Chemistry: Principles and Applications. Wiley, Chichester.
-
Lottspeich, F.; Engels, J.W. (Eds.). (2018). Bioanalytics: Analytical Methods and Concepts in Biochemistry and Molecular Biology. Wiley-VCH, Weinheim.
-
Mikkelsen, S.R.; Cortón, E. (2016). Bioanalytical Chemistry. John Wiley & Sons, Hoboken, NJ, USA.
-
Mishra, N. Introduction to Proteomics: Principles and Applications. John Wiley & Sons, Hoboken, NJ, USA. 2010.
-
Pingoud, A.; Urbanke, C.; Hoggett J.; Jeltsch, A. (2002). Biochemical Methods : A Concise Guide for Students and Researchers.. Wiley-VCH, Weinheim.
|