|
Vyučující
|
|
|
|
Obsah předmětu
|
Nukleové kyseliny a jejich struktura. Databáze sekvencí, porovnávání sekvencí, mnohonásobné porovnávání, nástroje pro základní analýzy. Metody sekvenování, určování bazí (?base calling?), chyby v sekvencích DNA. Uchovávání DNA sekvencí, formáty, jejich převod. Možnosti a přístupy k sekvenování genomu. Skládání sekvencí DNA, algoritmy založené na grafech, postup překryv/rozvržení/konsensus, de Bruijnovy grafy, základní assemblery. Vizualizace poskládané sekvence. Anotace genomu, repetitivní DNA, geny, automatická anotace, ruční editace, nástroje a formáty pro anotování genomu. Vizualizace celých genomů, databáze pro uchovávání sekvencí celých genomů, GMOD, GBrowse. Porovnávání sekvencí na úrovni celých genomů. Resekvenování, skládání krátkých čtení na referenční sekvenci. Variabilita genomu v rámci populace. Identifikace polymorfismů v sekvencích DNA, změny počtu kopií, strukturní varianty, jednonukleotidové polymorfismy.
|
|
Studijní aktivity a metody výuky
|
Monologická (výklad, přednáška, instruktáž), Dialogická (diskuze, rozhovor, brainstorming), Demonstrace
- Příprava na zkoušku
- 55 hodin za semestr
- Účast na výuce
- 26 hodin za semestr
|
|
Výstupy z učení
|
Studenti se seznámí se základními i pokročilými metodami identifikace genů, sekvenování transkriptomu, analýzy genové exprese a funkční genomiky.
Po absolvování kurzu by student měl být schopen: - rozlišit a definovat různé formy genetické informace - používat nástroje pro analýzu a predikci genů - porozumět metodám ověření funkce genů a transgenoze
|
|
Předpoklady
|
Úspěšné zvládnutí požadavků bakalářského studia
|
|
Hodnoticí metody a kritéria
|
Ústní zkouška
Úspěšné složení ústní zkoušky
|
|
Doporučená literatura
|
-
Gibson, G., Muse, V.S. (2009). A Primer of Genome Science, 3. vydání. Sinauer Associates, Inc., Sunderland.
-
Gibson, G., Muse, V.S. (2004). A Primer of Genome Science. Sunderland.
-
Kahl, G., Meksem, K. (2008). The Handbook of Plant Functional Genomics. Weinheim.
-
Kole, Ch., Abbot, A.G. (2008). Principles and Practices of Plant Genomics. Enfield.
-
Ondřej M., Drobník J. (2002). Transgenoze rostlin. Akademia.
-
Pevsner, J. (2015). Bioinformatics and Functional Genomics. Wiley-Blackwell, Hoboken, New Jersey.
-
Šmarda et al. (2005). Metody molekulární biologie. Brno.
|