Genetické mapování vazebné a asociační. Mapovací populace, genetické mapování u člověka. Genetické markery, vysokokapacitní markerové systémy. Molekulární fyzické mapy - mapování pomocí panelu radiačních hybridů, fyzické kontigové mapy, optické mapy, mapování založené na zachycení konformace chromatinu (3C metody). Strategie celogenomového sekvenování - redukční přístupy, hierarchické sekvenování, celogenomové neuspořádané (shotgun) sekvenování. Sekvenační technologie nové generace. Postup sestavování genomové sekvence, anotace sekvencí. Studium diverzity - jednonukleotidové polymorfismy (SNP), jejich identifikace a genotypizace, vysokokapacitní platformy. Analýza transkriptomu pomocí mikročipů a sekvenování RNA (RNAseq), analýza dat. Fuknkční genomika - metody přímé a reverzní genetiky, identifikace regulačních sekvencí, analýza struktury chromatinu. Identifikace genů metodou pozičního klonování, využití syntenie. Významné genomové projekty.
|
-
Birren a kol. (1997). Genome analysis - Mapping Genomes. Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York.
-
Brdička, R. Lidský genom na rozhraní tisíciletí. Grada Publishing, Praha, 2001.
-
Cantor, C.R., Smith, C.L. Genomics: The Science and Technology Behind the Human Genome Project, John Wiley and Sons, New York, 1999..
-
Cullis, C.A. Plant Genomics and Proteomics. John Wiley and Sons, Inc., New York, 2004.
-
Gibson, G., Muse, V.S. (2004). A Primer of Genome Science. Sinauer Associates, Inc., Sunderland.
-
Hunt, S. P., Livesey, F. Functional Genomics: A Practical Approach. Oxford University Press, Oxford, 2000..
-
Meksem, K., Kahl, G. (2005). The Handbook of Plant Genome Mapping. Wiley-VCH Verlag, Weinheim.
-
Primrose, S.B. Principles of Genome Analysis: A guide to mapping and sequencing DNA from different organisms. Blackwell Science Inc., 1998..
-
Rashidi, H.H., Buehler, L.K. Bioinformatics Basics. CRC Press, Boca Raton, 2000..
|