|
Vyučující
|
-
Šafářová Dana, Mgr. Ph.D.
|
|
Obsah předmětu
|
Přednáška: Úvod do bioinformatiky. Informační zdroje, biologické databáze (primární, sekundární, specializované DB). Sekvencování a základní používané strategie. Párové sekvenční srovnávání, prohledávání databází. Mnohočetné porovnávání sekvencí. Globální a lokální porovnávání. Skórovací matrice. Dynamický, heuristický a statistický přístup (PSSM, HMM). Predikce genů, strategie ab initio, vyhledávání homologie a jejich kombinace. Analýza RNA. Analýza a predikce struktury proteinů. Molekulární fylogenetika, konstrukce fylogenetických stromů. Analýza genomů. Seminář: Seminář: databáze a portály (GenBank/NCBI, DDBJ, EBI, ENTREZ), vyhledávání homologie (BLAST, FASTA), párové porovnávání, mnohočetné porovnávání, fylogenetická analýza (CLUSTAL, MEGA; E-nástroje). Specializovaný software.
|
|
Studijní aktivity a metody výuky
|
|
Přednášení, Monologická (výklad, přednáška, instruktáž), Dialogická (diskuze, rozhovor, brainstorming), Demonstrace, Laborování
|
|
Výstupy z učení
|
Seznámení se s oborem bioinformatika, základy zpracování a analýzy dat na úrovni DNA, RNA a proteinů.
Po absolvování kurzu je student schopen: - Definovat informační zdroje, biologické databáze. - Vysvětlit postupy sekvencování a základní používané strategie zpracování sekvenčních dat. - Vysvětlit postupy predikce genů, strategie ab initio, vyhledávání homologie a jejich kombinace. - Popsat postupy analýzy RNA, analýzy a predikce struktury proteinů. - Vysvětlit postupy molekulární fylogenetiky, konstrukce fylogenetických stromů. - Popsat analýzy genomů.
|
|
Předpoklady
|
nespecifikováno
|
|
Hodnoticí metody a kritéria
|
Písemná zkouška, Analýza výkonů studenta
účast na seminářích, vypracování praktických úloh, test
|
|
Doporučená literatura
|
-
NCBI.
-
Cvrčková F. Úvod do praktické bioinformatiky. Academia, Praha, 2006.
-
Jin Xiong. (2006). Essential Bioinformatics. Cambridge.
-
Mount D.V. (2004). Bioinformatics. Sequence and Genome Analysis. New York.
-
Rashidi, H.H., Buehler, L.K. Bioinformatics Basics. CRC Press, Boca Raton, 2000..
|