|
Vyučující
|
-
Rulík Martin, doc. RNDr. Ph.D.
-
Buriánková Iva, Mgr. Ph.D.
-
Brablcová Lenka, Mgr. Ph.D.
|
|
Obsah předmětu
|
1. Extrakce buněk z environmentálních vzorků (sonikace, Nycodenz), barvení DAPI 2. Extrakce DNA pomocí kitu, kontrola na elektroforéze 3. Polymerázová řetězová reakce, denaturační gelová gradientová elektroforéza 4. Fluorescenční in situ hybridizace, analýza obrazu v programu NIS 5. Konstrukce fylogenetických stromů
|
|
Studijní aktivity a metody výuky
|
|
Přednášení, Demonstrace, Nácvik pohybových a pracovních dovedností, Laborování, Pracovní činnosti (dílny)
|
|
Výstupy z učení
|
Cvičení je zaměřeno na praktické osvojení molekulárních metod používaných ve výzkumu přírodních mikrobiologických vzorků a jejich specifik. Studenti budou seznámeni s metodou extrakce DNA z environmentálních vzorků, amplifikace cílového genu pomocí polymerázové řetězové reakce (PCR), stanovení kvantitativního zastoupení cílových skupin organizmů ve společenstvu pomocí fluorescenční in situ hybridizace (FISH), diverzity společenstev pomocí denaturační gradientové gelové elektroforézy (DGGE). Dále se zaměří na zpracování sekvenačních dat.
Na konci kurzu se očekává, že student bude: - vědět o možnostech využití molekulárních metod v ekologii mikroorganismů - umět používat vybrané molekulární metody - schopen interpretovat výsledky různých studií, zaměřených na detekci mikroorganismů pomocí molekulárních metod
|
|
Předpoklady
|
Základní znalosti z mikrobiologie a molekulární a buněčné biologie.
|
|
Hodnoticí metody a kritéria
|
Rozhovor, Seminární práce
Zpracování eseje na vybrané téma, zaměřené na problematiku mikrobiální ekologie.
|
|
Doporučená literatura
|
-
Brown TA (2007). Klonování a analýza DNA. Univerzita Palackého v Olomouci, 389 pp.,.
-
Madigan MT, Martinko JM (2006). Brock biology of microorganisms, 11th ed. (nebo pozdější vydání). Pearson Education, Inc., Upper Saddle River, NJ,.
-
Oren A, Papke RT (2010). Molecular phylogeny of microorganisms. Caister Academic Press, Norfolk, UK,.
-
Osborn M, Smith C (2005)(eds). Molecular microbial ecology. Taylor & Francis, New York, NY.
-
Persing DH, Tenover FC, Tang YW, Nolte FS, Hayden RT, van Belkum A (eds). (2016). Molecular microbiology: Diagnostic principles and practice. Washington: DC: ASM Press.
-
Rulík M, Buriánková I, Brablcová L. (2015). Vybrané kapitoly z molekulární ekologie mikroorganizmů. Olomouc.
|