|
Vyučující
|
-
Rulík Martin, doc. RNDr. Ph.D.
-
Buriánková Iva, Mgr. Ph.D.
|
|
Obsah předmětu
|
Úvod do problematiky, vysvětlení základních pojmů v ekologii a molekulární biologii. Přínos molekulární biologie pro výzkum ekologických vztahů mezi mikroorganizmy a jejich prostředím. Metody extrakce DNA/RNA z environmentálních vzorků, PCR a RT-PCR a aplikace v mikrobiální ekologii. Sekvenační analýza, fylogetická analýza, význam 16S rRNA pro systematiku prokaryot. DNA fingerprinting mikrobiální komunity, DGGE, TGGE, T-RFLP, AFLP. Klonování genů. Hybridizace nukleových kyselin a její aplikace v mikrobiální ekologii (FISH, microarrays). Mikrobiální ekologie a genomika, metagenomické knihovny nekultivovatelných organizmů. Bioinformatika a webové databáze v mikrobiální ekologii.
|
|
Studijní aktivity a metody výuky
|
|
Přednášení, Monologická (výklad, přednáška, instruktáž), Demonstrace
|
|
Výstupy z učení
|
Přednáška poskytuje základní informace o biologii a ekologii mikroorganismů v environmentálním prostředí a možnosti použití molekulárních metod při jejich výzkumu. Zaměřuje se na popis mikrobiální diverzity a rekonstrukci fylogeneze na základě podobnosti 16S rRNA, a typy metabolismu u prokaryot. Důraz je kladen na pochopení molekulárních metod a přístupů ve výzkumu mikroorganismů.
Na konci kurzu se očekává, že student bude: - mít hlubší znalosti o výskytu, diverzitě a roli mikroorganismů v přírodním prostředí - vědět o možnostech využití molekulárních metod v ekologii mikroorganismů - schopen interpretovat výsledky různých studií, zaměřených na detekci mikroorganismů pomocí molekulárních metod
|
|
Předpoklady
|
Základní znalosti z mikrobiologie, ekologie, molekulární a buněčné biologie.
|
|
Hodnoticí metody a kritéria
|
Známkou, Ústní zkouška
Ústní zkouška.
|
|
Doporučená literatura
|
-
Brown TA (2007). Klonování a analýza DNA. Univerzita Palackého v Olomouci, 389 pp.,.
-
De Bruijn FJ (ed). (2011). Handbook of molecular microbial ecology I: Metogenomics and complementary approaches.. New Jersey.
-
De Bruijn FJ (ed). (2011). Handbook of molecular microbial ecology II: Metogenomics in different habitats..
-
Madigan MT, Martinko JM (2006). Brock biology of microorganisms, 11th ed. (nebo pozdější vydání). Pearson Education, Inc., Upper Saddle River, NJ,.
-
Oren A, Papke RT (2010). Molecular phylogeny of microorganisms. Caister Academic Press, Norfolk, UK,.
-
Osborn M, Smith C (2005)(eds). Molecular microbial ecology. Taylor & Francis, New York, NY.
-
Rulík M, Buriánková I, Brablcová L. (2015). Vybrané kapitoly z molekulární ekologie mikroorganizmů. Olomouc.
|