|
Vyučující
|
-
Matlach Vladimír, Mgr. Ph.D.
|
|
Obsah předmětu
|
Podrobnější výklad o několika nejvýznamnějších přístupech moderní formální lingvistiky, a to chomskyanského GB a minimalismu, lexikální funkční gramatiky J. Bresnanové, teorie optimalismu, kategoriální gramatiky a různých přístupech gramatiky závislostní. V celém výkladu bude brán výrazný zřetel na strukturální lingvistiku Pražské školy a její výsledky.
|
|
Studijní aktivity a metody výuky
|
|
Přednášení
|
|
Výstupy z učení
|
Seminář je zaměřen na všeobecné předpoklady k vytváření databáze Gnomic II. Seminář představí výchozí předpoklady pro analýzu genetického jazyka a textu. V první části se diskuse bude týkat velikosti slovní jednotky a její variability v genetickém zápisu jednotlivých vzorků. Následně bude věnována pozornost variantnosti určitých sekvencí proteinů ve vztahu k jejich funkci - analogicky mluvíme o morfologii DNA. Tento aspekt popisu funkčních částí proteinu a jejich variability zakládá zásadní odlišnost od vyjádření diference genetických textů statistickými metodami užívanými bioinformatikou. Seminář ukáže anotační postupy pro vytváření databáze. Představí využití stávajících databází - genetických bank, pro vytvoření databáze Gnomic II. Na příkladu iniciačních sekvencí budou uchazeči anotovat genomy archea, bakterií a eukaryot. Témata seminářů: Způsoby vydělení slovních tvarů pro lingvistickou analýzu genetického textu Morfologický pohled na funkční části proteinů vs. statistický pohled bioinformatiky Mikro-syntaktické struktury slovních forem genetického textu Gnomic: Dictionary of Genetic Codes - podoba databáze Archaea, bakterie, eukaryota a jejich popis v genetických bankách a způsob popisu v databázi Gnomic Tripletový kód a další typy kódu - fáze translace, varianty iniciačních a terminačních pozic Vztah Gnomicu k stávajícím genetickým bankám (NCBI, DDBJ, EMBL) Reprezentace mikro-syntaxe genetických motivů v genetických korpusech Druhy kódu, jim odpovídající morfologie a jejich vyhledávání v korpusu Gnomic Anotace stringů pro Gnomic II
|
|
Předpoklady
|
Předmět je určen pouze pro studenty doktorského studia.
|
|
Hodnoticí metody a kritéria
|
Ústní zkouška
Literatura, účast na přednášce, rešerše.
|
|
Doporučená literatura
|
-
Hajičová, Panevová, Sgall. (2003). Úvod do teoretické a počítačové lingvistiky. Praha.
-
Sells, P. (1985). Lectures on Contemporary Syntactic Theories. Stanford.
-
Stockwell, R. M. (1977). Fundations of Syntactic Theory. New Persey.
|